La soppressione dalla lista delle specie particolarmente protette non significa che il Cormorano non sarà protetto più. Cormorani saranno protetti in base alle leggi e direttive, ma lo faranno senza essere inclusi nella lista delle specie che sono più a rischio di estinzione.
La situazione è cambiata dagli anni 90 ed oggi nella Repubblica Ceca nidificano circa 300 coppie di cormorani, e migliaia sono presenti stagionalmente producendo secondo i portatori di interessi un impatto fatale non solo sulla popolazione ittica nei fiumi e nei laghi stagni, ma anche sugli alberi.
Dopo che la nuova direttiva sarà entrata in vigore, lo Stato ceco non dovrà più coprire i danni causati dai cormorani, per esempio, alla pesca , che si calcolano intorno agli 80 milioni di corone e che vengono compensati per decine di milioni ogni anno